L’EPUdF a une manière de fonctionner un peu particulière : elle n’a ni pape, ni évêque, ni chef unique.
Les décisions sont prises ensemble, par les membres, les pasteurs et les conseils élus. C’est ce qu’on appelle le système presbytéro-synodal :
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« Presbytéral » vient du mot presbyteros, qui signifie « ancien ». Cela désigne les conseils d’Églises locales, composés de membres élus et du pasteur, qui prennent les décisions pour leur communauté.
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« Synodal » vient du mot synode, qui signifie « chemin commun ». Ce sont les assemblées régionales et nationales où des délégués de plusieurs Églises locales se réunissent pour réfléchir, débattre et voter ensemble.
Autrement dit, dans l’EPUdF, tout part des communautés locales, et toutes les décisions importantes se construisent collectivement, à plusieurs niveaux — local, régional et national.